U.C.0097 ―― 『拉普拉斯之盒』開啟後的一年。儘管提及新類型人及其權利的『宇宙世紀憲章』對外公開，世界的格局依然沒有出現重大的變化。後稱『拉普拉斯事變』的紛爭，隨著新自護殘黨『帶袖』的瓦解而看似終結。

但在那場最後的戰鬥中，2架全・精神感應框架規格的MS，展現出了超越人智的強大力量。白色獨角獸和漆黑的獅子，2架機體所帶來的威脅，理應隨著封印從眾人的意識中遠去，被人徹底遺忘……但是，2年前下落不明的RX-0 獨角獸高達３号機，其身影卻再度出現在了地球圈上。